V.L.Č.R. od založení v roce 1923
je přímou pokračovatelkou Národní Veliké Lóže Československé, založené v roce 1923. Od tohoto roku je také mezinárodně uznána kontinuita její existence. Hlásíme se však rovněž k tradici německé Veliké Lóže „Lessing u tří prstenů“ („Lessing zu den drei Ringen“), která působila na území Československa až do roku 1938, neboť ta žádnou jinou přímou pokračovatelku nemá. Třetí tradicí, na niž navazujeme, jsou české a moravské zednářské lóže 18. století.
Národní Veliká Lóže Československá byla ve své historii dvakrát uspána: poprvé v roce 1938 v důsledku Mnichova a nástupu druhé republiky, podruhé v roce 1951, poté co se ukázalo, že soužití s komunistickým režimem by dále nebylo možné bez porušení základních zednářských pravidel a zásad.
K probuzení VLČR (tehdy ještě jako VLČS) došlo 17. listopadu 1990, kdy se v Martinickém paláci na Pražském hradě sešlo 18 z 31 zednářů, kteří přežili období totality. Ti se ustavili v první tři obnovené české lóže a vydali provolání, platné dodnes. Čtvrtou se později stala lóže exilová po návratu bratrů z Německa do vlasti. Postupně, jak se počet bratří rozrůstal, byly zakládány další lóže.
Významnou událostí v životě VLČR bylo sjednocení s Velikým Orientem Českým (zednářská obedience, založená Velikým Orientem Francie v roce 1993), k němuž došlo 8. března 2008. Tehdy se připojila i bratislavská lóže Humanizmus. Týž den byla ze tří slovenských lóží vytvořena Distriktní Veliká Lóže, z níž po roce (21. března 2009) vznikla samostatná Veliká Lóže Slovenska. Ta byla (snad jako jediná v Evropě) uznána Spojenou Velikou Lóží Anglie (UGLE) od okamžiku vzniku.
Od konce roku 2010 byla vedena jednání s brněnskou lóží Templum Sapientiae, která vystoupila ze svazku Veliké Lóže Zemí Českých (obedience, založená Velikou Lóží Francie) a požádala o vstup do VLČR. Tento proces byl úspěšně završen slavnostním včleněním této lóže dne 15. října 2011. Podobně tomu bylo v případě lóže Lasenic, původně součásti Veliké Lóže Humanitas Bohemia. Slavnostní přijetí se odehrálo 22. června 2013.
České regulérní zednářství se utěšeně rozrůstá. Kromě Prahy působí lóže v Brně, Ostravě, Plzni, Mariánských Lázních, Hradci Králové, Olomouci, Českých Budějovicích a Ústí nad Labem.